第 一 條 本辦法依文化資產保存法第五十一條第四項訂定之。
第 二 條 本辦法適用於中華民國領土之考古遺址發掘。
前項發掘，包括考古遺址發掘前之試掘、探勘，及基於學術研究、保護考古遺址等目的或其他經主管機關判斷應提送審議之考古發掘。
第 三 條 申請發掘考古遺址，應經審議會審議及主管機關核准。
前項審議，應就申請人資格、發掘計畫書及考古遺址保護相關事項為之。
第 四 條 申請發掘考古遺址之考古學者專家，應具備下列資格之一：
一、具有考古相關學士學位，從事考古發掘工作五年以上，並發表考古發掘報告二篇以上。
二、具有考古相關碩士學位，從事考古發掘工作三年以上，並發表考古發掘報告一篇以上。
三、具有考古相關科系博士學位，從事考古發掘工作一年以上。
第 五 條 申請發掘考古遺址之學術或專業機構，應具備下列條件：
一、具有考古學專業。
二、置有前條所定資格之學者專家三人以上。
三、具備出土遺物保管維護之設備、場所及人員。
四、具備出土遺物整理研究之場所。
五、具備符合安全及保護條件之文物典藏空間。
第 六 條 申請發掘考古遺址，應填具申請書，並檢附發掘計畫書、土地所有人、使用人或管理人之同意書及符合前二條所定之資格證明文件，向主管機關提出。
由符合第四條之考古學者專家申請者，應另檢附符合前條條件之學術或專業機構同意提供出土遺物保管維護設備、場所及人員之合作證明文件。
第 七 條 前條發掘計畫書之內容，應包括下列事項：
一、具有第四條資格之一之發掘主持人。
二、發掘現場常駐考古人員。
三、發掘考古遺址之基本資料。
四、發掘目的。
五、發掘期限。
六、人力、經費來源及配置。
七、預計發掘位置及面積規劃。
八、發掘程序及方法。
九、連續性發掘，各年度進行之狀況。
十、發掘之申請紀錄。
十一、出土遺物之保管維護計畫。
十二、發掘申請者近三年發掘案件執行情形。
第 八 條 前條發掘計畫書應於發掘前二個月提出，如因搶救考古遺址之緊急需要，並經主管機關同意者，得由申請人先行發掘，並於開始發掘後一個月內補提申請。
第 九 條 考古遺址發掘之申請人，應依發掘計畫書內容，確保發掘品質及出土遺物之安全維護。
考古遺址之發掘，應於發掘結束一年內，將出土遺物造具清冊及原始發掘紀錄影本報主管機關；並於發掘結束三年內，完成發掘報告，公開發表，並報主管機關備查。
前項期限，得視需要，報經主管機關核准後延長。
考古遺址發掘之出土遺物清冊，應載明下列事項：
一、發掘主持人姓名、所屬機構名稱、地址。
二、發掘考古遺址名稱。
三、發掘範圍（附地圖）。
四、發掘之起迄時間。
五、出土遺物總說明，包括年代、所屬文化及類別。
六、出土遺物清單，包括類別、遺物名稱、單位、數量、重量、重要遺物分級建議及備註。
七、保管之必要限制或注意事項。
八、其他相關事項。
第 十 條 考古遺址發掘有重大發現者，考古遺址發掘申請人應即報主管機關處理。
第 十一 條 外國人與國內學術或專業機構進行考古遺址發掘合作者，應由本國人擔任主持人，出土遺物等原始資料應妥善維護，並不得攜出國境。但有攜至國外進行實驗分析之必要，經中央主管機關核准者，不在此限。
第 十二 條 主管機關得對考古遺址之發掘，進行檢查及監督；如發現有下列情形之一，得令其停止：
一、屆滿發掘期限而未獲准延長者。
二、逾越發掘範圍者。
三、違反發掘程序或方法者。
四、其他經主管機關認定有必要者。
第 十三 絛 疑似考古遺址及列冊考古遺址之發掘，準用本辦法規定。
第 十四 條 本辦法自發布日施行。